中戸研究室（定量生命科学研究所 大规模生命信息分析研究领域）

About关于研究室

计算基因组学与大规模组学分析。

中戸研究室通过计算来分析基因组、表观基因组、基因转录、基因组三维结构以及单细胞数据。
该研究室致力于阐明：同一个基因组，如何根据细胞类型、状态和疾病等，产生不同的基因功能。
不仅使用现有的分析方法，还开发解决问题所需的模型和方法本身。
具有生命科学和信息学不同背景的成员，共同研究同样的问题。

Research研究课题

整合DNA序列、表观基因组、调控因子、功能性RNA、基因组三维结构的数据，阐明根据细胞类型、状态和疾病产生不同基因调控的机制。运用深度学习、网络理论和统计建模，重构多个要素协同与拮抗、使基因组发挥功能的结构。

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从序列解读调控机制↗

利用基因组深度学习模型和表观基因组表示学习，研究多个序列元件在哪种细胞环境下组合发挥作用。通过in silico突变分析和基于标准答案数据的评估，阐明模型所捕捉到的调控规律以及无法捕捉的条件。

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从多层数据到调控网络↗

将ChIP-seq、RNA-seq、Hi-C、单细胞等数据整合为多层网络。不仅利用正相关关系，也利用互斥、拮抗的关系，提取出普通聚类无法区分的相互作用。

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功能模块的发现与验证↗

以黏连蛋白、HOX因子家族、蛋白质复合体等为对象，发现多个因子与基因组区域协同形成一种功能的“功能模块”。比较其在不同细胞类型、疾病和扰动之间的重新组合，并通过独立数据和实验加以验证。

Voices学长学姐的评价

评价基于在读（或曾在读）学生的个人经历，不代表研究室官方观点。评价的有无或数量不代表对研究室的评价。

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